《热血三国3》具有创新的城池建筑系统，城内共有14种建筑，除了官府、城墙、校场位置固定外，有24个空地，供随意建造各种建筑。

与其他SLG游戏城池建筑不同，《热血三国3》追求更精良的游戏品质，整个城池的设计上更有空间感。 

除此之外，城池系统中还加入了许多特色建筑和功能：

1.客栈：在以往”招贤纳士“的招将功能上，增加了”大宴宾客“的新功能，玩家可通过”大宴宾客“获得将魂等道具，每隔一段时间可免费”大宴宾客“一次。

2.书院：在科技学习功能之外，增加了技能书和经验书的出售，玩家可通过书院快速获得新技能。

3.牢狱：用于抓将时关押俘虏。牢狱等级越高，可关押的俘虏数量越多、俘虏待逃跑的时间越长。

4.寺庙：创新的建筑设计，寺庙可提高城池的民心和伤兵率。